Nacido en Basilea, Merian aprendió el arte del grabado en cobre en Zúrich. Luego trabajó y estudió en Estrasburgo, Nancy y París, antes de regresar a Basilea en 1615. Al año siguiente se mudó a Frankfurt, Alemania, donde trabajó para el editor Johann Theodor de Bry, hijo del renombrado grabador y viajero Theodor de Bry. Desde muy joven creó planos urbanos detallados con su estilo único, por ejemplo el plano de Basilea (1615). Con Martin Zeiler (1589 - 1661), un geógrafo alemán, y más tarde (hacia 1640) con su propio hijo, Matthäus Merian (der Jüngere, es decir, "el Joven" o "Jr.") (1621 - 1687), produjo una serie de Topographia. Incluye numerosos planos y vistas de la ciudad, así como mapas de la mayoría de los países y un mapa mundial; fue una obra muy popular. También se hizo cargo y com.
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